Die Omnitrix wurden in der Vorgängerserie in den letzten zwei Folgen zerstört und Ben Tennyson trägt nun die neue Ultimatrix, die eine Weiterentwicklung der Omnitrix ist. Die Ultimatrix bringt neben den alten auch viele neue Aliens mit sich. Benjamin und Gwendolyn sind in der neuen Serie 16 und Kevin 17 Jahre alt. Bens geheime Identität gelangt an die Öffentlichkeit und bald hat Ben viele Kinder als Fans. Doch die Erwachsenen sehen in ihm eine Bedrohung. Die Ultimatrix besitzt die Fähigkeit, sämtliche alte Aliens auf ihr Maximum „upzugraden“. So wird aus Schlammfeuer Ultimativer Schlammfeuer. Zusätzlich beinhaltet die neue Uhr jegliche alte sowie sehr viele neue Lebensformen der Galaxie, in die Ben sich verwandeln kann.