In dieser alternativen Version von Fate/Stay Night spielt diesmal die zehnjährige Illya die Hauptrolle, die eigentlich ein ganz normales Mädchen ist, das mit ihrem Bruder Shirou zusammenlebt und zur Schule geht. Doch eines Tages taucht bei ihr der Zauberstab Ruby auf, der kurz zuvor seine Meisterin "gefeuert" hat, und macht Illya kurzerhand zu seiner neuen Herrin. Es dauert nicht lange bis ihre Vorgängerin, Rin Tousaka, auf den Plan tritt und Illya dazu überredet, ihr bei einer wichtige Aufgabe zu helfen. Rin sollte eigentlich mit Hilfe von Ruby magische Karten einsammeln, die die Gestalt der Servants aus Fate/Stay Night angenommen haben. Aber das ist noch nicht alles; kurze Zeit später trifft Illya auf ein anderes Mädchen, das so wie sie unverhofft zu einem Magical Girl geworden ist.