Man schreibt das Jahr 71 C.E. (Cosmic Era). Die Erdnationen befinden sich im Krieg mit PLANT, einer Rasse von genetisch verbesserten Menschen (gennant den Coordinators), die in zahlreichen gigantischen künstlichen Kolonien in der Mondumlaufbahn leben. Zu dem Krieg kam es, nachdem Anhänger einer Coordinator-Feindlichen Gruppe namens Blue Cosmos eine der Kolonien durch einen Atomangriff zerstörten, wodurch 280.000 Menschen starben. Hauptcharakter der Serie ist Kira Yamato, ein junger Koordinator, welcher auf einer neutralen Kolonie jenseits des Krieges in einer quasi heilen Welt lebt. Dies alles ändert sich aber schlagartig, nachdem ZAFT (das Militär von PLANT) entdeckt, das die Erde auf dieser Kolonie heimlich Mobile Suits produziert. ZAFT greift die Kolonie an und Kira wird ungewollt in diesen Krieg mit hineingezogen, als er entschliesst, eine der Mobile Suits zu steuern, um seine Freunde auf der Kolonie zu schützen. Und es kommt noch schlimmer: Einer der Angreifer ist Kiras bester Freund Athrun Zala …