Mutant X thematisiert die Schuld eines Genetikers für die Durchführung von Genetic Engineering an kranken Kindern - eine Behandlungsmethode, über deren Tragweite sich der Genetiker zum Zeitpunkt ihrer Anwendung (angeblich) nicht bewusst war. Die Patienten der Genetikfirma sind inzwischen Jugendliche und junge Erwachsene, die als Folge der genetischen Behandlung "Mutantenkräfte" (Telekinese, Telepathie etc.) entwickelt haben und mit diesen fremdartigen "Kräften" und ihrem Gefühl des "Anders-Seins" zumeist überfordert sind. Da einige der Mutanten eine Gefahr für die Gesellschaft darstellen und die Existenz der genetisch veränderten Menschen - Bestandteil eines militärischen Geheimprogramms - nicht publik werden darf, versucht der jetzige Chef der Genetikfirma, ein Militärtaktiker, alle Mutanten einzufangen und in "Stasekapseln" zu sperren beziehungsweise sie für seinen Sicherheitsdienst zu rekrutieren, der diese Aufgabe für ihn durchführen soll.