"The Agency" wirft einen Blick hinter die Kulissen der CIA. Ganz egal, ob ein terroristischer Anschlag zu verhindern, die Stabilität ausländischer Regierungen zu sichern oder die Integrität der CIA zu gewährleisten ist - die Mitglieder des Teams um Matt Calhoun riskieren im Dienst der nationalen Sicherheit tagtäglich ihr Leben. Matt ist ein durchtrainierter und überarbeiteter Undercover-Agent, der niemals einen Befehl in Frage stellen oder vor einem Einsatz zurückschrecken würde. Sein Bruder Eric, ebenfalls CIA-Agent, kam bei einem Einsatz unter mysteriösen Umständen ums Leben. Seither ist Matt besessen davon, das Rätsel um Erics Tod zu lösen. Er ist interessiert an Lisa Fabrizzi, der attraktiven Verlobten von Eric. Als Managerin der Anti-Terrorismus-Einheit vergräbt sich Lisa in Arbeit, um über Erics Tod hinwegzukommen. Die zweite Frau der Abteilung ist Terri Lowell, eine gewissenhafte Grafikerin. Ihr Job ist die Herstellung der Dokumente, die die Agenten bei ihren Top Secret-Missionen benötigen.