Hakuouki toma lugar durante el último período del shogunato de la era Edo. Yukimura Chizuru, cuyo padre trabaja en Kyoto como médico practicante de medicina occidental, decide viajar a la capital imperial a buscarlo después de perder contacto. Allí, es atacada por un monstruo sediento de sangre pero es a tiempo rescatada por los miembros del Shinsengumi. Estos la toman en custodia, y descubren que es la hija del doctor que también buscan. El Shinsengumi decide acoger a Chizuru y ayudarle en la búsqueda de su padre, con muchas aventuras en el proceso.