En un futuro lejano, en los confines de la galaxia, la Alianza Galáctica Humana lucha por sobrevivir contra una raza alienígena llamada "Hidiaasu." Durante una batalla, el teniente Redo y Cámara arma humanoide son engullidos por un túnel del tiempo. Una vez despierta Redo se da cuenta de que él llegó a la Tierra. En este planeta sumergido por el mar, la gente vive en grandes buques y buscan reliquias antiguas. Redo se encuentra en un barco llamado Gargantia. Ante la falta de información sobre el lugar donde se encuentra, Redo se ve obligado a aliarse con Amy, una joven mensajera de 15 años.