Nuestra historia empieza en Rider Village, donde nuestro protagonista ha superado una prueba para convertirse en un Rider y recibe la piedra Kizuna del líder de la aldea. Junto a su compañero Nabiru, con el que ha completado la prueba, deciden salir de la aldea para descubrir el mundo que hay fuera. Pero más allá, una sombra se cierne sobre el mundo. La gente empieza a darse cuenta de los cambios que se están produciendo en sus vidas y en su entorno. Será entonces cuando los Riders y los Hunters serán puestos a prueba. La clave se esconde en el poder de la piedra Kizuna, una verdad relacionada con una antigua leyenda.