El padre de Hyakkimaru es un ambicioso guerrero que concede a cuarenta y ocho demonios las cuarenta y ocho partes del cuerpo de su hijo recién nacido a cambio de que le otorguen el dominio de Japón. Hyakkimaru es abandonado a su suerte por orden de su padre, tras esto lo rescata un doctor que consigue reconstruirlo con prótesis de madera. Cuando se hace mayor, Hyakkimaru decide recuperar sus cuarenta y ocho partes perdidas, venciendo a cada uno de los demonios con los que pactó su padre. En su búsqueda se le une Dororo, una pequeña ladronzuela huérfana.