En la secuela, Takeru despierta tres años después del comienzo del “Unlimited” para encontrarse de nuevo en su habitación. Aunque primero pensó que los eventos de “Muv-Luv Unlimited” fueron solo un sueño, pronto siente que algo anda mal y sale de casa para descubrir que ha sido enviado atrás en el tiempo, al comienzo de los eventos del “Unlimited”. No estando dispuesto a aceptar los eventos ocurridos, decide ayudar al profesor Kouzuki a salvar a la Tierra y a la humanidad, arruinando el avance de la misteriosa Alternative IV, y con ello cancelando el final del “Unlimited”.