La historia trata de un joven, el mayor asesino de la era Tokugawa hasta la Restauración Meiji, apodado Battousai. Este joven llamado Kenshin Himura, decide no volver a matar gente para poder pagar de alguna forma los asesinatos que cometió y decide proteger a las personas a su alrededor con la técnica más aterradora y poderosa que ha existido: el Hiten Mitsurugi Ryū, aprendida gracias al adiestramiento de su maestro Hiko Seijūrō, que lo acogió cuando era pequeño tras sobrevivir en el asesinato de la caravana de esclavos en que se encontraba donde tres hermanas lo adoptaron como hermano menor. Esta técnica, aunque mortal, permite un control perfecto de la fuerza que se aplica al ejecutar los movimientos y puede ser utilizada con la espada que Kenshin porta, con el filo invertido, desde el inicio de la Restauración. De esta manera conoce a Kaoru Kamiya, del dojo Kamiya Kasshin Ryū. También conoce a Sanosuke Sagara, a Yahiko Myōjin y a otros personajes que pasan a ser parte de su vida, y motivo de existencia. Además, el verdadero nombre del protagonista es Shinta y Kenshin significa corazón de la espada, este último le fue dado por Seijuro que consideraba "Shinta" un nombre nada apropiado para un guerrero. Después de doce meses viviendo en el dojo, Kenshin descubre que su sucesor, el asesino Makoto Shishio, planea conquistar Japón destruyendo el gobierno Meiji, empezando por Kioto. Sintiendo que sus amigos pueden ser atacados por los hombres de Shishio, Kenshin va en su busca solo para derrotarlo. Sin embargo, sus amigos deciden viajar con él a Kioto para ayudarle en su batalla. Finalmente decide aceptar su ayuda y derrota a Shishio que muere por la temperatura de su cuerpo que se había quemado anteriormente. Tras esta batalla tiene que luchar ante Shogo Amakusa, un estudiante del estilo Hiten Mitsurugi que quiere matar a Kenshin. En Shimabara, se enfrenta con Amakusa y Kenshin se queda ciego tras el Rai Ryu Sen de su rival. Sin embargo, se recu