La historia comienza cuando Hikaru Shindō, un niño normal de Tokio, estudiante de primaria, encuentra en el desván de la casa de su abuelo un goban (tablero de jugar al Go) con manchas de sangre que sólo Hikaru puede ver. El descubrimiento viene seguido de la aparición del fantasma de Fujiwara no Sai, legendario maestro de Go de uno de los emperadores del Japón de la era Heian, quien desde ese momento acompañará constantemente a Hikaru, siendo éste la única persona que puede verlo y hablar con él. Sai fue traicionado por el segundo maestro imperial de Go, el cual engañó al emperador, convenciéndole de que Sai utilizaba trucos sucios en el juego, a raíz de lo cual éste se suicidó. Pero su pasión por el Go era tan fuerte que su espíritu quedó aprisionado en el goban por mil años, en espera de alguien que pudiera verlo y recibir sus enseñanzas. Al principio Hikaru no está muy interesado en el juego y se limita a complacer a Sai siguiendo sus instrucciones cada vez que tienen la oportunidad de jugar. Todos se sorprenden de la inconcebible habilidad de Hikaru sobre el tablero (que en realidad proviene de la milenaria experiencia de Sai), pero a él no parece hacerle mucha impresión. La situación cambia radicalmente cuando Hikaru conoce a Akira Tōya, un joven maestro de Go, quien con su actitud no sólo infunde en Hikaru el deseo de convertirse en jugador de Go, sino también el de llegar a ser uno de los mejores, mejor incluso que Akira.