La historia comienza con la llegada, en el año 1999, de una nave alienígena, que luego de un violento ingreso atmosférico, cae sobre la isla de Ataria Sur, en el Océano Pacífico.Después de una investigación inicial y debido a lo descubierto en la nave, una coalición internacional de países, conocida como United Nations Goverment (UN), inicia un proyecto armamentistico en el que se incluye la restauración e investigación de la tecnología hallada en la nave bautizada previamente como ASS-1 (Alien Star Ship-1)y que posteriormente después de su restauración seria rebautizada como SDF-1 Macross. En 2009, durante la ceremonia de finalización del proyecto se produce la llegada de los Zentradi, raza alienígena de gigantes similares en su aspecto a los humanos pero con una sociedad basada totalmente en la guerra. La nave restaurada bautizada con el nombre de SDF-1 Macross se enciende sola y dispara contra las naves que se aproximan... El eje central de la historia es la fortaleza espacial Macross, la nave que luego de realizar un frustrado pliegue espacial (Space Fold) quedando cerca de la orbita de Plutón y perdiendo en el proceso sus motores superdimensionales necesarios para realizar dicha acción, se ve forzada a realizar un viaje a velocidad de crucero de regreso a la Tierra donde es constantemente atacado por las fuerzas Zentradi hasta la posterior destrucción y regeneración del mundo. El otro aspecto significativo de la historia es el triángulo amoroso entre tres personajes claves, Misa Hayase, Hikaru Ichijo y Lynn Minmay. Esta última forma el siguiente eslabón clave de la serie, ya que es una joven cantante, cuyas emotivas canciones llegan a ser la salvación de la raza humana, llevando un cambio de conciencia a los alienígenas, que llegan a darse cuenta que existen otras opciones de vida diferentes a la guerra.