Transportada al Cuadrante Delta por una fuerza hostil que ha matado a la mitad de su tripulación, la capitana Kathryn Janeway se ve forzada a hacer un pacto con los asaltantes: la tripulación de una nave de oficiales renegados de la Federación, conocidos como Maquis. Mientras la tensión entre los Maquis y los oficiales de la Flota Estelar estalla en violentos incidentes ocasionales, la tripulación tiene que enfrentarse a peligros mayores y más mortíferos, bajo la forma de misteriosas anomalías espaciales que amenazan con destruir la nave en más de una ocasión.