L’histoire se déroule dans un univers alternatif à Fate/Stay Night. Illya, jeune fille débrouillarde, vit avec deux servantes et son demi-frère, Emiya Shiro. Le choses se compliquent lorsque Rin Tohsaka et de Luviagelita Edelfelt emménagent. C’est alors que Illya tombe sur un bâton magique qui confère des pouvoirs de Magical Girl. Sa mission dorénavant ; Récupérer de mystérieuses cartes dispersées dans tout le Japon pour l’organisation Zeltretch.