Haruka n'a pas nagé en compétition depuis bien des années malgré son talent naturel. Son meilleur ami, Makoto, est déterminé à le faire revenir dans le bain lorsque leur ancien coéquipier, Nagisa, veut reformer un club de natation au lycée d'Iwatobi. Malheureusement, leur ancien ami et acolyte, Rin qui a bien changé depuis son retour d’un centre de formation en Australie, rejoint le club de natation rival de Samezuka et défie Haruka. Les garçons devront mettre les bouchées doubles pour se hisser au niveau.