Au début du 20ème siècle, les scientifiques ont trouvé le moyen de stocker de la magie dans des objets. Très vite, cette avancée technologique fut utilisée comme arme militaire. Ces utilisateurs sont appelés, les Marionnettistes. Nous suivons le jeune Akabane Raishin, au sombre passé, qui arrive dans la prestigieuse académie militaire royale de Liverpool pour devenir le plus fort marionnettiste, et satisfaire enfin sa vengeance. À ses côtés se tient une jeune fille du nom de Yaya, une marionnette de combat, qui lui a été offerte par la plus puissante marionnettiste...