L'Académie Honnōji est dominée par la Section Disciplinaire avec comme Présidente du Conseil des Etudiants : Satsuki Kiryuin. Tous les membres du conseil sont vêtus d'uniformes scolaire fabriqués à partir de "Fibre de Vie", leurs conférents ainsi une force et des pouvoirs incommensurables. L'arrivée d'une nouvelle élève, Ryuko Matoi, va venir mettre à mal l'ordre et la rigueur de l'académie. Cette dernière manie une épée quelque peu étrange, en forme de moitié de ciseau, capable de découper la Fibre de Vie.