Basé sur le roman Vatican Kiseki Chousakan de Rin Fujiki. L'histoire se centre sur Hiraga Josef Kō, un scientifique très talentueux et de Robert Nicholas, un expert en archives et en cryptanalyse. Ces derniers travaillent en équipe pour le Vatican en tant que examinateur de miracles. Ils vont ainsi voyager dans différentes destinations du monde pour examiner l'authenticité des revendications de miracles.