Dans les égouts de New York, Leonardo, Raphael, Donatello et Michelangelo sont quatre frères tortues mutantes au début de leur adolescence qui partent à l'aventure et découvrent des pouvoirs mystiques de ninja qu'ils n'auraient jamais connus. Ils vont travailler en équipe et naviguer dans les périls de l'ère moderne et des royaumes cachés pour accomplir leur destin de devenir une équipe de héros.