Dans un futur proche, la frontière entre l'homme et la machine s'atténue de plus en plus à chaque jour : alors que le quotidien de chacun se partage entre le réel et le virtuel de part et d'autre d'une limite toujours plus floue, la société évolue peu à peu vers une nouvelle forme de vie. Une nouvelle définition du genre humain... Pour échapper à une maladie mortelle étant enfant, Motoko Kusanagi, alias Major, a vu son âme, ou Ghost, transféré dans un corps artificiel impossible à distinguer d'un être humain normal. Elle commande la Section 9, une unité de sécurité publique officieuse, composée de cyborgs comme elle et chargée de lutter contre la facette sombre de ces nouvelles technologies.