Lors d'une réparation de routine, deux plombiers New Yorkais tombent dans une canalisation et se retrouvent projetés dans un monde parallèle où le Roi Koopa multiplie les mauvais coups. Avec l'aide de la Princesse Peach et son fidèle serviteur Toad, Mario et Luigi devront déjouer les plans de l'infâme roi Bowser et ses célèbres sous-fifres: les koopasiens, les gambasiens, mouser, lakitu, frères marteaux et bien d'autres encore... Ils vont vivre un tas d'aventures variées, jouant divers rôles selon le lieu où il se trouvent ou le thème de l'épisode du jour. Dans les moments difficiles, une seule solution, prononcer la devise des plombiers: "Pâte brisée, pâte feuilletés et pâte à choux, donnez-nous le pouvoir super pâte et pas de potiron mon garçon!" et là tout devient possible! À l'inverse deux autres, cette saison a la particularité d'être en réalité basée sur des contes populaires, mais interprétés par Mario, ses amis et ses ennemis. Les deux autres saisons, elles, ont des histoires totalement originales et l'univers est toujours le même, de même pour le design des personnages.