Des extra-terrestres veulent conquérir la Terre en utilisant les animaux mais deux adolescents, Ryo Shirogane et Keichiro Akasaka, tentent de lutter contre ces extra-terrestres depuis leur base secrète, le café Mew Mew. Mais par erreur, ils injectent les gênes d'un animal dans le corps de cinq filles qui deviennent dès lors des super-héroïnes allant combattre ces extra-terrestres.