Alors que l'armée vient à peine d'anéantir Godzilla, un reptilien monstrueux responsable d'énormes dégâts à New York, Nick Tatopoulos, scientifique de renom, assiste à l'éclosion d'un œuf de la même espèce. D'abord effrayé par cette découverte qui pourrait signifier sa mort et celle de milliers d'autres êtres humains, il est agréablement surpris lorsqu'il constate que le nouveau-né ne l'attaque pas. Mieux encore, le monstre s'attache à lui et est extrêmement obéissant ! Nick décide alors de sauver ce dernier représentant de la lignée des Godzilla et réunit autour de lui une équipe de scientifique pour l'étudier : Le H.E.A.T. Malheureusement, quand tout danger semble donc écarté, d'effrayants mutants apparaissent partout dans le monde semant la terreur et la désolation. Qui sont-ils ? Nul ne le sait. Mais pour Nick et son équipe, l'heure n'est pas aux questions mais à l'action ! Aidée par Godzilla, qui a tout de la force et de la férocité de ses ancêtres quand il combat, le H.E.A.T. entreprend de nettoyer la planète de ses nombreux envahisseurs. Une mission urgente et périlleuse…