En 1945, des extraterrestres nommés Phantom Beasts envahissent la planète. Les nations décident de faire front commun afin de mettre un terme à la menace. Cinquante ans plus tard, les dégâts sont considérables et le mal continue de s’étendre. Au Japon, on prépare depuis quelques années déjà une armée de méchas, pilotés par de jeunes étudiants, capables de combattre au corps à corps et d’approcher le Brain , source de puissance de l’ennemi. Nous suivons donc le quotidien de l’Unité 5121, jeunes étudiants de Tokyo, que l’arrivée de Shibamura Maï, jeune pilote surdouée mais introvertie, va bouleverser, surtout celle de Hayami Atsushi, garçon timide, qui se retrouvera vite propulser copilote de la belle à bord du dernier modèle de robot.