Tatsuhiro Satô est ce qu'on appelle un "hikikomori", c'est-à-dire un de ces jeunes japonais qui s'enferment chez eux sans jamais sortir, préférant l'isolement total à la vie en société. Voilà donc trois ans que Satô n'est pas sorti de chez lui. Pendant ce temps, il a réfléchi à tous ses échecs et à ses malheurs. Il en est arrivé à la conclusion suivante: tout ça n'est que le résultat d'un complot mené par la chaîne de TV nationale, la NHK (Nihon Hôsô Kyôkai que Satô transforme en Nihon Hikikomori Kyôkai), dont le but serait de générer plein de hikikomori dans la société japonaise... Mais Satô veut en finir avec cette conspiration et décide de sortir de sa bulle: il veut trouver un travail. C'est alors qu'il rencontre Misaki, une jeune fille qui veut l'enrôler au sein de son mystérieux "projet"...