2015 : une forme de vie extraterrestre et monstrueuse envahit le système solaire. Sur Terre est développé un programme de défense armée à l'aide de Mecha commandés par de jeunes filles et garçons. Noriko Takaya, fille d'un commandant tué lors d'une mission prendra les commandes, avec sa "soeur" Amano Kazumi, du Gunbunster, un légendaire Mecha, pour tenter de sauver la population humaine...