Junjou Romantica est un anime qui suit les vies et amours de trois couples shonen-ai (boys-love). Les histoires sont divisées en trois groupes: Junjou Romantica, Junjou Egoist, et Junjou terroristes. Misaki Takahashi a des difficultés scolaires et a besoin d'un tuteur pour intégrer une faculté d'économie. C'est ainsi qu'Akihiko Usami, écrivain renommé et ami de son frère, devient son tuteur. Leur entente devient cependant trop bonne : Misaki Takahashi découvre qu'Akihiko Usami est homosexuel, qu'il écrit des romans d'amour entre garçons et qu'il est lui-même follement amoureux de son frère, qu'il met en scène dans ses romans érotiques.