La serie si svolge cinque anni dopo l'esplosione avvenuta in un laboratorio, dove alcuni scienziati stavano lavorando al Progetto Nanites, iniziato per creare una soluzione a molte malattie. Dopo quel tragico avvenimento sono state rilasciate nell'atmosfera miliardi di nanomacchinari, i Nanites, infettando tutta la flora e la fauna del pianeta, rivoltando l'equilibrio naturale. Mentre la maggior parte degli organismi non ne ha risentito immediatamente, molti altri, con un numero più alto di Naniti attivi nell'organismo, sono stati trasformati geneticamente da questi in creature mostruose che hanno perduto la ragione, diventando molto aggressive, i cosiddetti E.V.O., chiamati così dalla dottoressa Holiday. Per proteggere l'umanità dalla minaccia degli E.V.O., viene creata un'organizzazione armata, la Providence, impegnata a combattere gli E.V.O in tutto il mondo e a curarli con l'aiuto di Rex. Rex è l'arma segreta e la punta di diamante della Providence; un ragazzo quindicenne che ha perso la memoria svariate volte dopo l'esplosione, ma che, come altri pochi individui, è in grado di controllare i suoi Nanites, trasformandoli in veicoli e armi di svariato tipo, e usandoli per combattere e, più avanti, guarire gli E.V.O. Il Capo della Providence è Blanco Domino, ex partner dell'agente Sei, unico essere rimasto "puro" al mondo e intenzionato a rimanere tale.