La storia ruota intorno a Nyaruko, la divinità senza forma del caos (Nyarlathotep), in grado di assumere la forma di una comune studentessa dai capelli chiari. Mahiro Yasaka è uno studente normale delle scuole superiori che si ritrova a dover fuggire da un rapimento alieno, fino al momento in cui Nyaruko arriva in suo soccorso.