La storia di Senran Kagura si incentra su cinque giovani e avvenenti apprendiste ninja: Asuka, Katsuragi, Hibari, Ikaruga e Yagyuu. A ciascuna di esse è stato assegnato un rotolo contenente tecniche segrete che dovrà essere difeso a ogni costo. Le cinque ragazze dovranno quindi percorrere parallelamente sia la strada tumultuosa della vita scolastica che l'ancor più insidiosa "via del ninja".