Anno 5738: da migliaia di anni l'intera umanità si ritrova tramutata in pietra a causa di una catastrofe naturale. Ooki Taiju riesce inspiegabilmente a risvegliarsi, trovandosi così di fronte ad una realtà completamente diversa da quanto ricordava, dove la natura ha ripreso il sopravvento sulla civiltà umana. Al suo risveglio il ragazzo si ricongiunge con il suo amico Senku, un giovane e geniale scienziato anche lui risvegliatosi qualche mese prima. Insieme i ragazzi sperano di scoprire la causa dietro all'improvvisa tramutazione in pietra e, nel frattempo, di trovare una cura. Non tutto, però, va come previsto...