La serie racconta la storia di Lyra Belacqua, una bambina di 11 anni allegra e brillante cresciuta a Oxford, in Inghilterra, la quale vive in un mondo parallelo in cui a ogni essere umano è affiancato un alter ego, un daimon sotto forma animale. La sua vita felice è stravolta quando scopre l'esistenza di una misteriosa entità, nota come Polvere, e in città iniziano a sparire dei bambini, che si vocifera vengano sottoposti a terribili esperimenti. Con l'obiettivo di salvarli, Lyra si imbarca in un pericoloso viaggio nel multiverso, imparando a distinguere il male dal bene.