Viveva un tempo un vampiro conosciuto come Vanitas, odiato dalla sua stessa razza per essere nato sotto una luna piena blu, mentre la gran parte di essi nasce in una notte di luna rossa. Solo e spaventato, creò "Il libro di Vanitas", un grimorio maledetto che un giorno si sarebbe vendicato di tutti i vampiri. Il manga segue le vicende di Noè, un giovane uomo che nel diciannovesimo secolo a Parigi, viaggia su un dirigibile con un solo scopo in mente: trovare Il libro di Vanitas. L'improvviso attacco di un vampiro lo conduce all'incontro con il misterioso Vanitas, un medico specializzato in vampiri e, con grande sorpresa di Noè, un comune essere umano. L'uomo ha ereditato sia il nome che il libro del Vanitas della leggenda e usa il grimorio per guarire i suoi pazienti. Dietro questo comportamento gentile però, si cela qualcosa di sinistro...