Nel prossimo futuro il clima mondiale cambiò creando nel Pacifico occidentale un super ciclone perpetuo: il Grand Roar che alterò la terra, inondando la maggior parte dei paesi. La navigazione e le spedizioni divennero importanti per le nazioni e seguite dallo spettro dei pirati oceanici, costringendo così le aziende ad assumere incrociatori di scorta per salvaguardare i loro investimenti. Hyousuke Nagimiya è un ingegnere di sistema che è stato incaricato di aggiornare il Pascal Magi, gestito da un intero equipaggio di donne con il suo capitano, Misaki Nanaha. Insieme, l'equipaggio si sforza di dimostrare ai propri detrattori che non sono una semplice "Alice Brand". Eppure, mentre svolgono la loro missione, una cospirazione globale più ampia sembra lavorare dietro le quinte per trarre vantaggio da questo nuovo ordine mondiale.