È l'anno 2036... "Le leggende viventi s'incontrano un'ultima volta... per distruggersi". Sono trascorsi dodici anni da quando il Capitano James Kirk venne travolto dal Nexus, durante il salvataggio dell'equipaggio dell'Enterprise-B, comandata dal Capitano John Harriman. Ora i capitani Pavel Chekov, Nyota Uhura e John Harriman si ritrovano insieme per il varo di una nave molto speciale. Tuttavia, la loro rimpatriata viene bruscamente interrotta da un segnale di soccorso proveniente da un pianeta a tutti fin troppo familiare, dove li attende un volto quasi dimenticato e in un istante accade qualcosa che costringerà i tre amici ad imbarcarsi in una missione che cambierà per sempre le loro vite...