Wolverine deve rimettere in sesto il team degli X-Men dopo la scomparsa di Jean Grey e del Professor Xavier, sfruttando le sue doti di leader. In seguito si scoprirà che il professor Xavier, caduto in coma, ha ripreso i sensi vent'anni nel futuro, in una realtà in cui le Sentinelle hanno preso il controllo del mondo a seguito della divisione degli X-Men e dello scoppio di una guerra fra mutanti e umani. Comunicando con Cerebro attraverso lo spazio-tempo Xavier riesce ad aiutare i suoi pupilli a fermare la guerra, ma un nuovo e terribile futuro ne prende il posto: l'era di Apocalisse.