어느 날, "내버려 둘 수 없어!"가 입버릇인 범상치 않은 중학교 1학년생 쿠도 타이키(工藤 太器)의 앞으로 누군가의 메시지와 함께 수수께끼의 아이템이 도착한다. 그것은 디지털 생명체, 속칭 '디지몬'에게 강대한 힘을 부여하는 디지바이스 '크로스로더'. 타이키는 선택받은 '제너럴'이 되어 친구들과 함께 이세계 '디지털 월드'로 향한다. 타이키와 친구들은 디지몬 군단을 결성하고, '디지크로스'로 협력하여 적 디지몬, 라이벌과 맞선다. 이내 디지털 월드의 운명이 걸린 대전쟁의 막이 오르고, 감춰져 있던 비밀이 서서히 드러나기 시작하는데….