2000년대에 들어 인류는 달과 화성으로 그 거주지역을 넓혀갔다. 그러나 2195년 목성방면으로부터 정체를 알 수 없는 무인병기의 공격을 받게된 지구연합은 그들의 지역을 사수하기 위한 전투에 돌입한다. 사고로 부모를 잃은 화성 출신의 주인공 '아키토'는 대피소에서 적의 공격중 정신적 충격과 함께 지구로 워프하게된다. 이후 그는 우연한 기회에 나데시코의 함장이 된 소꿉친구 '유리카'를 만나게 되고, 나데시코의 요리사이자 임시 파일럿으로서 전투에 참가하게 된다. 점점 파일럿다운 면모를 갖춰나가는 아키토는 열혈 로봇애니메이션 게키강가의 열성팬. 정의를 지키기 위해 싸운다는 그는, 친구 가이의 죽음, 메구미와의 삼각관계등 다양한 사건을 거치며 성숙해져 간다. 화성의 남아있는 인류를 돕기위한 그의 첫 번째 항해는 실패로 끝나게 되고 보손 점프 (공간이동) 와 목성인류의 출현으로 사건은 점점 복잡해져만 간다. 나데시코측은 목성과 지구간의 역사에 숨겨진 진실을 알게되고, 목성측과 평화협의를 시도하지만 상대의 배신으로 실패한채 이 일을 문제로 모두가 흩어지게 된다. 결국 다시 모이는 그들은 전쟁의 열쇠가 되는 보손 점프의 블랙박스를 없애기 위해 화성으로 다시 출발하게 되는데... '기동전함 나데시코'는 ‘사일런트 뫼비우스’, ‘쾌걸 증기 탐정단’, ‘다크 엔젤’ 등으로 유명한 아사미야 키아의 만화로부터 출발하였다. 제작사인 XEBEC은 이를 애니메이션화할 계획을 구상하기 시작했고, 아카호리 사토루와 캐릭터 디자이너인 고토 케이지, 그리고 '빨간망토 챠챠'를 연출한 사토 타츠오, 유명 메카닉 디자이너 아키타카 미카가 만나 '기동전함 나데시코'는 완전