먼 미래, 유성폭탄으로 지구는 멸망에 이르게 되고, 살아남은 사람들은 지하도시를 건설해 살아가게 된다. 그러나 어느새 방사능의 영향이 지하세계에까지 미치게 되고, 이를 알게 된 이스칸달의 여왕 스타샤는 지구에 도움을 주려한다. 그녀의 도움으로 야마토에 파동엔진을 장착한 사람들은 야마토의 성능에 놀라게 되고, 스타샤로부터 방사능 제거 장치를 얻기 위해 야마토를 이스칸달로 보내게 되는데...