Um futuro próximo, onde os seres humanos foram derrotados pelos parasitas virais nomeados Gastrea. Eles foram exilados em um pequeno território e vivem em desespero, lado-a-lado em terror. Neste mundo preso na Escuridão. Rentaro, um menino que vive perto de Tóquio e membro da "Segurança Civil" organização - uma especializada em lutar contra o Gastrea - é usado para a realização de tarefas perigosas. Seu parceiro é Enju, uma jovem precoce. Eles lutam, graças aos seus poderes peculiares até que um dia, quando eles recebem uma missão especial do governo. Esta missão secreta é para evitar a destruição de Tokyo ... Situado em um futuro próximo, esta emocionante história heróica de ação ... começa agora!