A série, baseada nos 13 livros da saga infantil "Desventuras em Série", de Lemony Snicket, conta as desventuras que os três órfãos Baudelaire -- Violet, Klaus e Sunny -- enfrentam após a perda de seus pais em um incêndio. A história parte do momento em que as crianças são informadas de que seus pais faleceram em um terrível incêndio que ocorreu em sua mansão, destruindo-a. Depois do incêndio, as crianças vão viver sob tutela de um parente distante, o Conde Olaf, um homem terrível e pouco higiênico que tenta roubar a enorme fortuna que seus pais lhes deixaram. As três crianças mudam diversas vezes de tutores, sempre por conta das armações do Conde Olaf, que continua seguindo as crianças, em disfarces ridículos, sempre com um plano diferente para roubar a fortuna dos órfãos. As crianças tentam avisar sobre o que as atormentam, mas nenhum adulto chega a acreditar, fazendo com que saiam de situações perigosas por conta própria.