Em 1999, uma gigantesca espaçonave cai na Terra e os cientistas aos poucos vão dominando a tecnologia aliení­gena. É criada uma poderosa força de defesa para aguardar a chegada dos seres que a construíram. Rastreando o paradeiro da nave perdida, os gigantescos Zentraedis (Zentraady, no original) encontram a Terra e decidem conquistá-la. De origem obscura, os Zentraedis se referem a cultura terrestre como “protocultura”, e dão a entender que os dois povos têm uma origem em comum. A principal linha de defesa é formada pela nave aliení­gena, batizada de SDF-1 Macross, uma colossal fortaleza que transporta inúmeras armas e caças que viram robôs, os Valkyries. Na torre de comando, está o capitão Henry Gloval, que lidera um grande exército. A primeira oficial é Misa Hayase e os principais pilotos de caça são Roy Fokker e Hikaru Hishizo. Apesar das batalhas, a história se concentra no triângulo amoroso formado pelo piloto Hikaru, a oficial Misa e a cantora pop Lynn Minmei. A voz de Minmei se torna uma importante arma, quando ela canta uma música que é transmitida aos Zentraedis e desperta sentimentos há muito esquecidos pela raça guerreira.