Akihisa Yoshii ist der titelgebende "Baka", will meinen, dass seine schulischen Leistungen am unteren Ende der Notenskala liegen. Dieser Umstand wirkt sich insofern dramatisch aus, als dass an seiner Schule die Schüler je nach Testergebnis auf verschiedene Klassen aufgeteilt werden. Die Besten kommen in die A Klasse und genießen diverse Annehmlichkeiten, wie ein mit allen Schikanen eingerichtetes Klassenzimmer. Währenddessen müssen die Schlechtesten, die F Klasse, ihr Dasein auf Sitzkissen in einem mit alten Tatamimatten ausgelegten Raum fristen und sogar um die Tafelkreide bangen. Mizuki Himeji wäre eigentlich eine der klügsten Schülerinnen des neuen Jahrgangs, doch wegen Fieber versagt sie beim Einstufungstest und wird in die F Klasse gesteckt. Dort befindet sich neben Akihisa, der heimlich auf Mizuki steht, auch noch dessen Freund Yūji Sakamoto, der gleichzeitig Klassensprecher ist. Die F Klasse beschließt nun ihre Situation nicht mehr einfach hinzunehmen und bedient sich diverser Kreaturen, deren Herbeibeschwörung günstigerweise an der Schule im Rahmen eines Experiments entdeckt wurde, um gegen die ranghöheren Klassen anzutreten und sich deren Privilegien zu sichern.