Die junge Schülerin Sakura lebt ein recht normales und friedliches Leben. Eines Abends trifft sie in einem Park jedoch auf eine Gruppe in blauen Flammen stehender Menschen. Geschockt und voller Angst muss sie dazu feststellen, dass ihr neuer Mitschüler, der freundliche und stille Rei Ogami, die Ursache dafür ist! Als sie diesen am nächsten Tag zur Rede stellen will, stellt er sich als Code:Breaker vor - ein Menschen mit besonderer Fähigkeit, die im Auftrag einer Organisation Menschen auslöscht. Doch ehe Sakura sich versieht, wird sie auch schon von der Organisation ins Visier genommen und soll verschwinden...