Die Welt von Granblue Fantasy ist von Krieg gezeichnet. Die vielen, in den Wolken schwebenden Inseln, sind Zeugen des einstigen Kampfes zwischen uralten, mächtigen Wesen, den Astralen und den Bewohnern des Himmels, den Sky'Dwellers gewesen. Nachdem die Astralen besiegt wurden und ihre Macht in Kristallen versiegelt wurde, beginnt ein Zeitalter des Friedens. Das soll jedoch nicht lange anhalten, da das Erste Empire nach eben jenen Artefakten sucht um die Welt zu unterdrücken. Hier beginnt unser Held sein Abenteuer, auf dem er auch einem mysteriösen Mädchen begegnet, dessen Auftauchen das Erwachen uralter Mächte hervorruft.