Madlax ist der Name einer Elitespezialagentin im Einsatz in Kriegsgebieten. Niemand kennt ihren wahren Namen oder ihre Vergangenheit. Eines Tages trifft sie auf die junge Margerette Barton. Margerette ist die Tochter einer Adelsfamilie und lebt allein mit ihrer Dienerin, seit sie vor 12 Jahren ihre Eltern bei einem Flugzeugabsturz verloren hat. Die beiden Mädchen, welche in völlig unterschiedlichen Welten leben, haben jetzt ein gemeinsames Ziel. Sie wollen zusammen das "Heilige Land" finden und ihre Fragen beantworten.