Nachdem die Neuroi bemerken, dass sie mit den Menschen kommunizieren können und Frieden mit dem Nest oberhalb Gallias schließen konnten, machen sich die "Strike Witches" auf, um das Kommunikationssystem wieder herzustellen, als die Neurois plötzlich attackiert werden. Sie entdecken ein weiteres, neu erschienenes Nest, das Europa Großteils bedeckt und es attackiert rücksichtslos Alliierte und Witches. Diese Nachricht erreicht das Kaiserreich Fuso und eine Rettungseinheit wird zusammengestellt, um die Überlebenden zu retten. Mio Sakamoto und Yoshika Miyafuji schließen sich diesem Rettungsteam an, um ihre Freunde zu retten.