Es herrscht Krieg in der Galaxie! Unter Führung der Jedi nehmen die neu aufgestellten republikanischen Klon-Bataillone den Kampf gegen die gewaltigen Droiden-Armeen der Rebellion unter Count Dooku auf. Die Animationsserie schließt die Lücke zwischen den beiden Kinofilmen „Star Wars: Episode II“ und „Episode III“.