Shaymin se encuentra por accidente en medio de la batalla entre dos pokémon muy poderosos, Dialga y Giratina, y sin comerlo ni beberlo termina metido en un misterioso universo paralelo. Un gas venenoso se expande por todos lados, y Shaymin hace su ataque Seed Flare para limpiar el gas, lo que por suerte para él le hace volver al mundo real. Ash y sus amigos se encuentran a Shaymin y rápidamente se hacen amigos, sobre todo al descubrir que tienen en común su interés por la naturaleza. Sin embargo Shaymon no va a estar tranquilo, por que Giratina quiere venganza. La aparición de un temible villano y del pokémon legendario Regigigas terminan por redondear una aventura llena de misterios...